例えば、下のリンクにある日本旅行のホームページでは、ホテルの宿泊日を決めて往復のJRの日程を決めていくと料金が表示されて、そのまま予約にすすめます。決済はクレジットカードがあれば簡単にできます。
料金的には、安いものだとJRの往復分ぐらいの料金であるので、その場合、JRとホテルを別々に申し込むよりもホテル1泊分浮くことになります。ただし、取り消しの場合キャンセル料がかかるので
注意が必要です。
日本旅行の場合、JAF会員だと店頭でパンフレットで申し込めば5%引きになるので、ネットよりもお得なケースもあると思います。
また、JTBなども同様の商品を取り扱っているので、旅行の際、検討してみてはいかがでしょうか。
日本旅行(JR+宿泊プラン)